Buongiorno @Manulelula ,
non avendo un’immagine da visionare, posso interpretare le “macchie nere” come fumaggine, una patina nera a chiazze che si sviluppa sulla melata zuccherina e appiccicosa che producono le cocciniglie… ce ne sono sul tuo limone? Immagino di sì, poiché la presenza di formiche è sempre associata a quella delle cocciniglie! In questo caso, ti consiglio di eseguire un “lavaggio” della pianta con un prodotto a base di sapone di Marsiglia, o con sapone molle. E’ utile anche per eliminare le cocciniglie, soffocandole e devitalizzandole. Una volta eliminate le cocciniglie, se ne andranno anche le formiche. Nel caso, invece, dovesse trattarsi di vere e proprie macchie nere sulle foglie (ma non riesco a immaginarle su tronco e rami), potrebbe trattarsi di una malattia fungina da curare con un prodotto fungicida. Prova a inviarci una foto! Con un po’ di pazienza, vedrai che il tuo limone riacquisterà vitalità e tornerà a fiorire e a produrre.